Protokół z badania ksiąg i dokumentów w postępowaniu podatkowym – znaczenie i możliwości zakwestionowania ustaleń organu

W toku postępowania podatkowego organy podatkowe dokonują czynności sprawdzających, w tym badania ksiąg rachunkowych i dokumentów podatnika. Czynności te, jako elementy postępowania dowodowego, są istotne dla ustalenia stanu faktycznego sprawy. Ich wyniki zazwyczaj zostają utrwalone w formie protokołu z badania ksiąg i dokumentów, który – choć formalnie nie jest decyzją administracyjną – może mieć daleko…



W toku postępowania podatkowego organy podatkowe dokonują czynności sprawdzających, w tym badania ksiąg rachunkowych i dokumentów podatnika. Czynności te, jako elementy postępowania dowodowego, są istotne dla ustalenia stanu faktycznego sprawy. Ich wyniki zazwyczaj zostają utrwalone w formie protokołu z badania ksiąg i dokumentów, który – choć formalnie nie jest decyzją administracyjną – może mieć daleko idące skutki dla podatnika.

1. Charakter prawny protokołu z badania ksiąg

Protokół z badania ksiąg rachunkowych i dokumentów nie jest samoistnym rozstrzygnięciem, lecz dokumentem procesowym stanowiącym element materiału dowodowego. Protokół odzwierciedla przebieg badania, opisuje ujawnione nieprawidłowości, a często zawiera również wnioski organu co do ewentualnych naruszeń przepisów podatkowych. Choć nie stanowi on samodzielnej podstawy do określenia zobowiązania podatkowego, protokół może być następnie wykorzystany przy wydaniu decyzji wymiarowej czy określającej wysokość zobowiązania podatkowego, dlatego jego treść ma istotne znaczenie praktyczne.

2. Podważenie protokołu – jakie są możliwości podatnika?

Podatnik nie pozostaje bierny wobec treści protokołu – ma prawo do kwestionowania zawartych w nim ustaleń, w szczególności gdy są one błędne, niepełne lub sprzeczne z innymi dowodami w sprawie. Istnieje kilka sposobów zakwestionowania protokołu:

a) Zastrzeżenia do protokołu

Najbardziej bezpośrednim środkiem obrony są zastrzeżenia co do ustaleń organu podatkowego zawartych protokole. Strona może to 14 dni od dnia doręczenia jej protokołu z badania ksiąg i dokumentów. Zastrzeżenia mogą dotyczyć m.in.:

  • błędnych ustaleń faktycznych,
  • pominięcia istotnych dowodów,
  • naruszenia procedury sporządzania protokołu.

Zgłoszenie zastrzeżeń obliguje organ do ich rozpoznania. Co istotne, brak zastrzeżeń może być uznany za akceptację ustaleń, dlatego warto dochować tej procedury, nawet jeżeli końcowa decyzja dopiero zostanie wydana.

b) Wnioski dowodowe i uzupełnienie materiału w sprawie

Niezależnie od samego protokołu, podatnik może w toku postępowania złożyć wnioski dowodowe zmierzające do wykazania, że ustalenia organu są błędne lub niepełne. Mogą to być:

  • dowody z dokumentów, które nie zostały pierwotnie uwzględnione,
  • wyjaśnienia podatnika,
  • zeznania świadków,
  • opinie biegłych (np. w sprawach rozliczeń księgowych).

Dzięki temu podatnik ma możliwość zakwestionowania tez zawartych w protokole jeszcze przed wydaniem decyzji.

c) Odwołanie od decyzji i kontrola sądowa

Jeśli organ podatkowy, mimo zastrzeżeń, wyda decyzję opartą na treści zakwestionowanego protokołu, podatnik ma możliwość złożenia odwołania do organu II instancji, a następnie skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. W tych środkach zaskarżenia można ponownie podnieść zarzuty dotyczące:

  • wadliwości ustaleń faktycznych opartych na protokole,
  • nieuwzględnienia zgłoszonych zastrzeżeń,
  • naruszenia przepisów postępowania dowodowego.

Sądy administracyjne wielokrotnie podkreślały, że materiał dowodowy musi być oceniany w sposób wszechstronny i obiektywny, a nie tylko w oparciu o jednostronne ustalenia organu.

3. Znaczenie należytej reakcji podatnika

W praktyce często zdarza się, że podatnicy nie podejmują działań wobec protokołu, uznając go za dokument czysto techniczny. Tymczasem aktywna postawa – w postaci złożenia zastrzeżeń, wniosków dowodowych czy przygotowania rzetelnej odpowiedzi procesowej – może mieć kluczowe znaczenie dla ostatecznego wyniku sprawy.

Warto także pamiętać, że organy podatkowe nie mogą domniemywać, że podatnik przyznał się do nieprawidłowości tylko dlatego, że nie zakwestionował treści protokołu – ale brak reakcji może utrudnić późniejsze wykazanie swoich racji.


Podsumowanie

Protokół z badania ksiąg i dokumentów jest ważnym narzędziem w rękach organu podatkowego, ale nie jest niepodważalny. Skuteczna obrona interesów podatnika wymaga znajomości procedury i terminów – przede wszystkim możliwości zgłoszenia zastrzeżeń oraz aktywnego udziału w postępowaniu dowodowym. Zlekceważenie tego etapu może przesądzić o negatywnym wyniku całej sprawy.